生化危机五代中，贯穿生化危机系列的人气大反派阿尔伯特威斯克在结局中被克里斯和谢娃，共同发射的火箭筒消灭，同时官方也承认阿阿尔伯特威斯克的正式死亡。作为续作6代的历代主角大同台，这也似乎暗示着生化危机主宇宙有完结之意。（后来生化危机七全新故事的讲述，又从侧面加深了这一猜想）

        本作采用四条故事线进行讲述:里昂篇（搭档特工海琳娜），克里斯篇（搭档bsaa成员皮尔斯），杰克篇（搭档雪莉），艾达篇（独来独往王阿姨，联机模式中会有黑衣特工作为搭档）。

          故事的开始在东欧的伊东尼亚共和国，BSA在得到这里藏有生化武器BOW.的情报后，决定对该区域进发动攻击，负责此任务的正是我们的主角克里斯雷德菲尔德，与其搭档皮尔斯奈文斯。与此同时，生化危机2代中的幸存者之一，同时也是威廉伯金的女儿，她因为身上有T病毒的抗体，一方面美国政府防止其落入阿尔伯特威斯克手中，将她关押密切保护，另一方面又对雪莉进行各种人体实验。随着五代中威斯克的死亡，雪莉也没有理由被继续关押，于是国家安全顾问西蒙斯交给她一份特殊的任务，只要完成这个任务就能获得自由。这项任务正是来到伊东尼亚共和国保护传说中拥有“诅咒之血”的杰克穆勒，这个杰克穆勒的真实身份正是五代中大反派威斯克的私生子，身上拥有者威斯克的血脉。但杰克穆勒并不知情，更不敢想象自己的父亲是妄图毁灭世界的大魔头，他只知道自己生下来就跟母亲相依为命，后来迫于生计，成为了雇佣兵，眼里只有金钱。

          也就是在这个时候，克里斯等人与杰克雪莉初次相遇，双方合力击败bow后分道扬镳，雪莉与杰克谈成五百万的报酬后一同搭乘武装直升机前往美国，克里斯与皮尔斯则继续对该片区域进行军事占领。之后杰克飞机被袭坠机，落地后不得不逃脱ustank的追捕，而克里斯等人也因为中了一个长相与艾达极为相似女人的陷阱而致使除克里斯与皮尔斯之外的bsaa成员全军覆没，克里斯对于此事不堪回首以至于选择性失忆，并终日酗酒浑浑噩噩。而刚刚坠机的杰克雪莉在暴风雪中躲避追捕，来到了山洞中与ustank斗智斗勇，最终被捕获并被秘密关押在了中国兰祥市某新安布雷拉秘密研究所。

         一年之后，此时的里昂不再是15年前浣熊市的那个菜鸟警察了，而是时任美国总统亚当本福特的好友兼贴身特工。此时的总统亚当本福决定前往高橡树市的常春藤大学进行一场演讲，意在公开1998年的浣熊市事件真想。就在此时高橡树市却遭到生化袭击，包括亚当本福特在内的大批市民。被感染成为丧尸，此时的里昂甚至当年在浣熊市马文警长的不幸，不得不将枪口对准身为好友兼总统的亚当本福特。

          里昂与身边的海琳娜被眼前的景象震惊，决心找出事情的真相，期间4代的通讯员海尼根为两人规划安全的路线（一点儿也不安全，一路的话无非打打杀杀），两人受到了国家安全顾问西蒙斯的阻挠，海琳娜要求里昂无论如何要跟她一起前往高橡树市的教堂，到了那里里昂就明白了。之后两人来到教堂发现地下秘密实验室，海琳娜找到了自己已经变异的妹妹黛博拉，又在艾达王的帮助下合力击败变异了的黛博拉。海琳娜悲痛万分，决心帮妹妹报仇，道出了一切的幕后主使都是身为国家安全顾问的西蒙斯，遂决定出发前往中国兰祥市粉碎西蒙斯的阴谋。

        与此同时，皮尔斯在一间酒吧找到了失忆的队长克里斯，告知其真实身份并演了一出戏唤醒了克里斯的部分记忆，克里斯正式归队带领bsaa前往兰祥市，营救被困的联合国官员以及消灭正在城市里肆虐的生化丧尸，就这样各路人马齐聚兰祥！克里斯抵达之后也是遇到了这个跟艾达极为相似的蓝衣艾达，决心抓到他为死去的队友讨回公道。

         里昂与海琳娜也乘坐客机抵达了兰祥，客机中途遭遇恐怖袭击，幸存两人要找西蒙斯对对质，遇见了从研究所逃出来杰克跟雪莉。四人合力暂时击败了ustank后，雪莉告诉了不是外人的里昂自己上司西蒙斯与自己会面的地点，里昂与雪莉约定那里会合。

           这头的艾达王一边躲避克里斯的追捕，一边调查真相，期间还用绳索救下了雪莉。不明真相的克里斯并不知道有一个假艾达，见到艾达就追，登上航母之后发现了一个阴谋，有一发生化武器导弹企图向兰祥市发射。西蒙斯在会合地点遇见了雪莉杰克，也遇见了尾随而来的里昂海琳娜，对质之下撕破脸皮，派人绑架了杰克雪莉关在了海底基地。克里斯告知里昂生化导弹即将来袭，里昂告知克里斯杰克雪莉被关押在海底基地，望其前去营救。克里斯得知两人皆是毒二代，身上扭转解决这次危机的抗体，前往海底基地营救。

        最终里昂海琳娜击败了被注射了强化病毒的变异西蒙斯，杰克与雪莉击败了ustank，克里斯在皮尔斯变异后的帮助下击败了海底基地的最大生化母体，皮尔斯英勇牺牲。

        故事的最后海琳娜与里昂洗清了罪名，杰克浪子回头不再认为金钱是这个世界的唯一，帮助小男孩解决狂暴丧尸，仅仅一个苹果。艾达击败了假艾达，并摧毁了秘密病毒实验室。克里斯振作起来，带着一个长得很像皮尔斯的手下继续致力于全球反生化武器的事业。

         真的不得不佩服卡普空的这一手，特别是皮尔斯最后自我牺牲的行为，还有埋下的伏笔都让人泪目，在我心中生化危机六独特的魅力的所在！